Gamla stan med sina historiska byggnader och magnifika arkitektur är en guldgruva för den som är intresserad av svunna tider. I Gamla stan finns också en rad olika kyrkor, flera storslagna, äldre kyrkor, men också flera moderna kyrkobyggnader.
Storkyrkan
Storkyrkan, eller Sankt Nicolai kyrka som den också heter, är en domkyrka som tillhör Stockholms stift i Svenska kyrkan. Under medeltiden var Storkyrkan dock tillhörande Sankt Nicolai församling inom den katolska kyrkan i Sverige. Redan på 1200-talet uppfördes den första byggnaden tack vare Birger Jarls donationer. Kyrkan fick sitt nuvarande utseende under 1400-talet. Sedan 1300-talet och framåt har kyrkan använts för kungliga kröningar och vigslar. Kyrkan används också vid stora nationella katastrofer. Dagligen är det 10 000 turister som besöker Storkyrkan under sommarmånaderna. Inför Riksmötets öppnande i september varje år samlas också riksdagsmännen just i Storkyrkan. De som får Nobels fredspris bjuds in för att hålla betraktelser från predikstolen. Samtidigt används Storkyrkan dagligen för dop, begravningar, vigslar och gudstjänster för de boende i Gamla stan och andra delar av Stockholm. Storkyrkan har många roller och vänder sig till alla. Storkyrkan har flera sevärdheter, varav den främsta är statyn Sankt Göran och draken som är 500 år gammal och som beskriver kampen mellan ont och gott.
Riddarholmskyrkan
Riddarholmskyrkan uppfördes ursprungligen som en katolsk klosterkyrka åt Gråbrödraklostret som grundades 1270. Idag är Riddarholmskyrkan Stockholms enda bevarade medeltida klosterkyrka. Det är också de svenska kungarnas gravkyrka – här vilar alla de svenska regenterna från Gustav II Adolf (död 1632) till Gustav V (död 1950). Enda undantaget är drottning Kristina. Även medeltidens kungar finns begravda i Riddarholmskyrkan, exempelvis Magnus Ladulås och Karl Knutson Bonde. Idag används Riddarholmskyrkan främst som just grav- och minneskyrka, men den håller också öppet för rundvandring och guidade visningar samt vid speciella arrangemang. Om sommarhelgerna hålls ibland konserter med gregoriansk musik i kyrkan. Varje år arrangerar också Stockholms Scoutdistrikt en julotta i kyrkan.
Slottskyrkan
Ända sedan Magnus Ladulås tid har det funnits en kyrka på slottet. Sedan 1600-talet finns även en egen församling vid slottet, nämligen Kungliga Hovförsamlingen, där medlemmarna utgörs av anställda vid slottet och deras familjer. Varje söndag hålls gudstjänst i Slottskyrkan där alla är välkomna. Kyrkan hålls också öppen sommartid för rundvandring. Slottskyrkan byggdes under 1700-talet och är skapad i en blandning av barock- och rokokostil. Det fanns en kyrka även i det gamla slottet Tre Kronor, med bland annat bänkar och inventarier i silver. Dessa finns delvis bevarade även nu efter slottsbranden 1697 och finns i den nuvarande Slottskyrkan. Dessutom anses Slottskyrkan vara en av Sveriges mest utsmyckade kyrkor. Förutom kyrkbänkarna är de 6 apostelstatyerna, Predikstolen, Altaruppsatsen och takmålningarna berömda sevärdheter.
Finska kyrkan
Finska Kyrkan är en kyrkobyggnad och församlingskyrka tillhörande den Finska församlingen inom Svenska Kyrkan. Kyrkobyggnaden användes tidvis som teater under 1600-talet och har en viktig plats i den svenska teaterhistorien. Finska församlingen fick kyrkobyggnaden under 1700-talet. Innan dess hölls finskspråkiga gudstjänster i Svartbrödraklostrets kyrka, Storkyrkan, Tyska kyrkan, Riddarholmskyrkan och Katarina kyrka. Finska församlingen har idag omkring 8000 medlemmar.